Яндекс предлагает бесплатный антивирус для ваших сайтов под названием Manul. Пользоваться им достаточно просто и в то же время сложно.
Первым делом скачиваем zip-архив с антивирусом. Теперь вам нужно закинуть архив (не забудьте разаархивировать его) или распакованный архив в корневую папку вашего сайта.
Запускаем антивирус через браузер: ВАШ_САЙТ/manul/index.php. Будет предложено создать сложный пароль. После запускаем сканирование. В итоге будет создан отчет в формате .xml.
Скачиваем отчет и анализируем. Можно самостоятельно, можно найти тех, кто разбирается. А можно загрузить отчет в Анализатор и сформировать лечащий скрипт. Однако не забывайте про ложные срабатывания антивируса. Поэтому лучше отчет обрабатывать вручную. В любом случае вы увидите подозрительные файлы.
После завершения работы обязательно удалите папку manul с сервера.